Το ΑΡΘΡΟ 13 διαρθρώνεται σε δέκα διακριτές ενότητες, ορισμένες από τις οποίες περιέχουν υποενότητες: 

1.Νομολογία: Η ενότητα με τίτλο "Νομολογία" περιλαμβάνει περιλήψεις αποφάσεων εθνικών δικαστηρίων (αλλά και διεθνών, καθώς και του ΔΕΕ) με κεντρικό πυρήνα θεματολογίας το θρησκευτικό φαινόμενο. Τα κείμενα των αποφάσεων αυτών λαμβάνονται από βάσεις δεδομένων, ενώ σε ορισμένες περιπτώσεις πρόκειται για αδημοσίευτα. Περιγράφονται οι βασικές θέσεις του σκεπτικού κάθε απόφασης και παρατίθεται το διατακτικό της, χωρίς σχολιασμό εκ μέρους του εκάστοτε συντάκτη. Επίσης, σε ορισμένες περιπτώσεις παρατίθεται ολόκληρο το κείμενο της απόφασης. 

2.Αφιερώματα: Η ενότητα με τίτλο "Αφιερώματα" περιλαμβάνει εκτενείς παρουσιάσεις με συνοδεία φωτογραφικού υλικού. Δεν προβλέπονται συγκεκριμένες προδιαγραφές ούτε συγκεκριμένος τύπος παρουσίασης, υπό την έννοια ότι ένας αριθμός αφερωμάτων μπορεί να επικεντρώνεται στις εργασίες επιστημονικών συνεδρίων, ενώ ένας άλλος σε εκτενή ανάλυση ζητημάτων ιστορικών, επίκαιρων ή ζητημάτων που βρίσκονται σε σύνδεση με ορισμένο πρόσωπο. 

3.Κανόνες και Νόμοι: Η ενότητα με τίτλο "Κανόνες και Νόμοι" απαρτίζεται από τρεις στήλες, στις οποίες αναρτώνται άρθρα με θεματολογία που κινείται στο πλαίσιο του Δικαίου της Εκκλησίας (πολιτειακό Εκκλησιαστικό Δίκαιο και Δίκαιο των Ιερών Κανόνων) και του Θρησκευτικού Φαινομένου στη γενικότερη εξέλιξή του. Αρθρογραφούν με αλφαβητική σειρά: Manga Fr., Αλεξόπουλος Δ., Κόλλια Α., Κραλίδης Φώτης, Παλιούρα Ε., Σταυριδάκη Ρ., π. Χρυσανθος Καρατζαφέρης, Χρυσαφίδη Σταυρούλα-Αλεξία.

4.Νομικά Εκκλησιαστικά: Η ενότητα με τίτλο "Νομικά Εκκλησιαστικά" διαρθρώνεται σε τέσσερις στήλες, που στόχο έχουν να διανθίσουν την ηλεκτρονική εφημερίδα με άρθρα ειδικότερου περιεχομένου σε σχέση με το θρσκευτικό φαινόμενο. Η ανάλυση εν προκειμένω είναι αυστηρά νομική. Αρθρογραφούν με αλφαβητική σειρά: Αλεβίζος Χ., Ερνίας - Βασίλα Μ., Παπασυκιώτης Ρ., Σούκερα Μ..

5.Ιστορία και Πολιτισμός: Η ενότητα με τίτλο "Ιστορία και Πολιτισμός" αποτελείται από μία στήλη την τρέχουσα χρονική περίοδο και εκφράζει το διειστημονικό κομμάτι της ηλεκτρονικής εφημερίδας ΑΡΘΡΟ 13. Αρθρογραφούν με αλφαβητική σειρά: Παλιούρας Α., Χαροκόπος Ν..

6.Κοινωνία και Θρησκεία: Η ενότητα με τίτλο "Κοινωνία και Θρησκεία" αποτελείται από μία στήλη την τρέχουσα χρονική περίοδο. Η εν λόγω στήλη είναι αφιερωμένη αποκλειστικά σε λογοτεχνικά κείμενα που έχουν ως κεντρικό πυρήνα το θρησκευτικό φαινόμενο. Αρθρογραφούν με αλφαβητική σειρά: Καραμολεγκου Θ., Σαρρή Δ..

7.Συνεντεύξεις: Οι συνετεύξεις λαμβάνονται με επιμέλεια των μελών της ομάδας του ΑΡΘΡΟ 13 μετά από κοινή απόφαση. Στόχος της εν λόγω ενότητας είναι ο πλουραλισμός, επισημαίνεται δε ότι το ΑΡΘΡΟ 13 δεν ταυτίζεται με καμία από τις απόψεις που διατυπώνονται, καθώς δεν έχει ιδεολογικό ή πολιτικό προσανατολισμό. Απαντήσεις με περιεχόμενο υβριστικό ή προδήλως προσβλητικό απέναντι σε πρόσωπα και θεσμούς δεν αναρτώνται. 

8.Προσκεκλημένοι: Η ενότητα με τίτλο "Προσκεκλημένοι" αποτελείται από δύο στήλες. Δημοσιεύονται μελέτες και άρθρα μετά από πρόσκληση του επιστημονικού υπευθύνου που απευθύνεται στους συγγραφείς τους (ή μετά από επιλογή των άρθρων, αν πρόκειται για επιτρεπόμενη αναδημοσίευση).

9.Ανοιχτή Στήλη: Πρόκειται για μια ενότητα αφιερωμένη στους φοιτητές που αποτελείται από τρεις στήλες. Η γενικότερη επιμέλεια ανήκει στους εξωτερικούς συνεργάτες, αλλά και σε μέλη της ομάδας που ανά διαστήματα αναλαμβάνουν το συγκεκριμένο τμήμα της εφημερίδας (Παπαδάκη Ε., Πλιάτσικα Α., Σαραντάκης Α.).

10.Αρχειοθήκη: Λόγω εξωτερικών και εσωτερικών αλλαγών, ορισμένες στήλες καταργούνται και το περιεχόμενό τους μεταφέρεται στην ενότητς με τίτλο "Αρχειοθήκη".

*η ανάρτηση υλικού στις ως άνω θεματικές ενότητες, καθώς και η χρήση του υπόκειται στους γενικούς όρους χρήσης του παρόντος ιστοτόπου.